Kaninchen sind sehr sensible Tiere und lassen sich unter wirtschaftlichen Bedingungen nicht immer problemlos vermehren und mästen. Besonders häufig treten Probleme im Verdauungstrakt auf. Dies auf Grund verschiedener Erreger und Parasiten, v. a., Clostridien, E. coli und Kokzidien. Hohe Abgangsraten sind oft die Folge. Meist werden daher in der konventionellen Kaninchenerzeugung prophylaktisch Kokzidiostatika eingesetzt. Das ist in der Biokaninchenhaltung nicht erlaubt und auch für die konventionelle Landwirtschaft zeichnet sich ein Verbot ab.
Eine Rostbodenhaltung, wie sie zum Teil zur Verbesserung des Hygienestatus eingesetzt wird, kommt für Biobetriebe ebenfalls nicht in Frage. Erst die Haltung in Systemen mit Einstreu ermöglicht den Tieren das Ausleben arteigener Verhaltensweisen.

Das FiBL führt durch den Coop Fonds für Nachhaltigkeit geförderte Versuche zum Verzicht von Kokzidiostatika bei eingestreuter Gruppenhaltung durch. Nach anderthalb Jahren Versuchslaufzeit hat sich für die Zibben gezeigt, dass eine Haltung auf Einstreu und ohne Kokzidiostatika als Futterzusatz möglich ist. Dazu wird ein Futtermittel mit erhöhtem Lignozelluloseanteil zur Stabilisierung der Verdauung eingesetzt. Zwar steigt die Anzahl an ausgeschiedenen Kokzidieneiern im Kot bei Jungzibben zuerst stark an, pendelt sich aber nach einigen Wochen auf niedrigem Niveau ein. Danach ist die Belastung so gering wie mit Kokzidiostatikafütterung.

Anders sieht es bei Absetzkaninchen aus. Es wurden verschiedene Zusätze (Oregano-Extrakt, tanninhaltiges Esparsettenheu) sowie die Verfütterung einer stärkefreien Ration getestet. Der Aufzuchterfolg war durch die Zusätze verbessert, insgesamt jedoch noch nicht befriedigend. Ein strenges Hygienemanagement kann ebenfalls zur Vermeidung von Verlusten beitragen. Um den Medizinalfuttereinsatz auch auf konventionellen Betrieben zu minimieren, bleibt zu testen, ob ein Verzicht ab der fünften Woche nach dem Absetzen möglich ist, da die Darmgesundheit sich zu diesem Zeitpunkt stabilisiert hat.

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